2 июля 2016 года в Хабаровской духовной семинарии прошло заседание Ученого совета, который возглавил митрополит Хабаровский и Приамурский Владимир. На заседании, где присутствовали проректоры и заведующие кафедрами данного учебного заведения, были подведены итоги закончившегося учебного года и определены планы на летние каникулы.

На Ученом совете было принято решение изменить организационную структуру Хабаровской семинарии: вместо Сектора очного обучения, Сектора заочного обучения и Сектора дополнительного образования появится два факультета. Это будет факультет богословского образования и факультет дополнительного религиозного образования. Также будет введена должность декана.

Данная реорганизация позволит оптимизировать учебный процесс в Хабаровской семинарии и улучшить качество образования.