В ходе эксплуатации Спасо-Преображенского кафедрального собора были выявлены определенные дефекты. Сотрудники КГУП «Хабаровскгражданпроект» провели экспертизу и определили, что в подкупольном пространстве нарушен покрасочный и шпаклевочный слой, в капитальном ремонте нуждаются покрытия по периметру Крестного хода и наружные фасады. Ориентировочную стоимость ремонта здания специалисты оценили в 52 миллиона рублей.